Ova crkva do temelja je srušena 1992. godine. Poslije povratka iz progonstva vjerni puk jajački s ljubavlju je počeo graditi novu župnu i samostansku crkvu. Blagoslov kamena temeljca i gradilišta bio je 2001. godine.
Po povratku iz progonstva euharistijska su slavlja bila u sadašnjoj osnovnoj školi kod samostanske i župne crkve. Kad su se ispunili uvjeti školski je prostor prepušten svojoj prvotnoj namjeni. Napravljena je drvena baraka između samostana i vjeronaučne dvorane gdje su slavljene mise do 2004. kad se mise počinju slaviti u kripti nove crkve, navedeno je na facebook stranici Franjevačka prisutnosti u Bosni.
Kripta je u potpunosti završena 2014. godine nakon čega se više pristupilo uređenju crkve. U većim prigodama slavljena je sveta misa u crkvi bez fasade, klupa i kamenog poda. Zadnjih godina ovo je sve uređeno tako će večeras Jajčani s ponosom dočekati Božić u crkvi koja je dobila svoj sjaj i ljepotu. U narednom periodu planira se postavljanje oltara i umjetničko uređenje crkve.
Dnevnik.ba